Федерация ручного мяча СССР создана 10 июля 1959 года. Позднее она была переименована в Федерацию гандбола СССР. Федерация занималась развитием гандбола в Советском Союзе, управляла сборными командами страны.

В 1989 году состоялась первая учредительная конференция Союза гандболистов РСФСР, на которой присутствовало 32 коллективных члена. Генеральным директором Союза был избран Владимир Максимов.

Союз гандболистов РСФСР до 1992 года являлся членом Федерации гандбола СССР, которая объединяла федерации гандбола всех союзных республик.

2 марта 1992 года в Волгограде прошла первая учредительная конференция по созданию новой общественной спортивной организации, получившей название «Союз гандболистов России». Были избраны руководящие органы СГР. Первым президентом Союза стал Александр Кожухов, с 1990 года занимавший должность руководителя Федерации гандбола СССР, генеральным директором и вице-президентом избран Владимир Максимов, вице-президентом – Юрий Резников, ответственным секретарем – Борис Макаров.

В том же 1992-м СГР был признан правопреемником прекратившей свое существование Федерации гандбола СССР. Союз гандболистов России стал полноправным членом Международной федерации гандбола (ИГФ) и Европейской федерации гандбола (ЕГФ).

С самого начала становления Союза гандболистов России ежегодно проводятся чемпионаты и первенства России, разыгрывается Кубок России.

С 1993 года Россия начала выступать самостоятельными командами на Олимпийских играх, чемпионатах мира и Европы.

В 1992–2004 годах Союз гандболистов России возглавлял Александр Кожухов, генеральным директором на всех конференциях с 1992-го по 2008 год избирался Владимир Максимов.

В 2004 году Кожухов сложил с себя полномочия президента СГР в связи с избранием его президентом комиссии по организации и проведению соревнований ИГФ. Кожухов остался в Союзе советником президента СГР и почетным президентом СГР. Новым президентом Союза был избран заместитель руководителя Федерального агентства по печати и массовым коммуникациям Владимир Григорьев, на выборах в декабре 2004 года он был единственным кандидатом. В ноябре 2008 года на отчетно-выборной конференции СГР Григорьев не был переизбран на новый срок: 57 участников конференции проголосовали против, и только 27 – за.

В апреле 2007 года умер бессменный генеральный секретарь СГР с 1992 года Борис Макаров, и на эту должность был назначен Виктор Поладенко.

На конференции в январе 2009 года новым президентом СГР избран президент ОАО «АвтоВАЗ» Борис Алёшин.

В конце 2010 года в связи с принятием нового устава СГР Владимир Максимов вынуждено покинул пост генерального директора СГР. В 2011 году Виктор Поладенко стал совмещать должности генерального директор и генерального секретаря.

В марте 2013 года на очередной конференции СГР новым президентом стал глава холдинга «Пермские медведи», президент Союза спортивных федераций Пермского края Владимир Нелюбин. В первом туре Нелюбин и Борис Алёшин набрали по 31 голосу, а во втором туре Нелюбин сумел опередить оппонента (32 против 28).

В 2013 году по инициативе Нелюбина Союз гандболистов России сменил название на Федерацию гандбола России.

В 2014 году Попечительский совет ФГР возглавил заместитель председателя правительства России Дмитрий Рогозин.

С 2014 года между чемпионом страны и обладателем Кубка России стал разыгрываться Суперкубок России по гандболу среди мужских и женских команд.

В феврале 2015 года Владимир Нелюбин подал в отставку с поста президента ФГР, мотивировав это тем, что должен разделить ответственность на неудачное выступление сборных команд России (в декабре 2014 года женская сборная заняла 14-е место на чемпионате Европы, а в январе 2015-го мужская сборная стала 19-й на чемпионате мира в Катаре).

В апреле 2015 года новым президентом ФГР избран президент Группы компаний «Дело» Сергей Шишкарёв. В декабре 2016 года он переизбран на этот пост. На должности генерального директора федерации был утвержден Лев Воронин, исполнявший эти обязанности с лета 2016-го.

Летом 2017 года правительством России утверждена Программа развития гандбола до 2024 года.

Крупнейшие международные соревнования по гандболу, проходившие в России с 1992 года

• 1994 – гандбольный турнир Игр доброй воли (Санкт-Петербург)
• 1998 – гандбольный турнир Всемирных юношеских игр (Москва)
• 2002 – межконтинентальный кубок среди мужских сборных (Москва)
• 2003 – чемпионат Европы среди девушек U-17 (Тольятти)
• 2005 – международные спортивные игры юниоров стран СНГ и Балтии
• 2005 – чемпионат мира среди женских команд (Санкт-Петербург)
• 2015 – чемпионат мира среди юношей U-19 (Екатеринбург)
• 2016 – чемпионат мира среди девушек U-20 (Москва)
• 2018 – чемпионат мира по пляжному гандболу среди мужских и женских команд (Казань)

Президенты Союза гандболистов России / Федерации гандбола России

• 1989–1992 – Владимир Максимов (как генеральный директор Союза гандболистов РСФСР)
• 1992–2004 – Александр Кожухов
• 2004–2008 – Владимир Григорьев
• 2009–2013 – Борис Алёшин
• 2013–2015 – Владимир Нелюбин
• 2015 – наст. время – Сергей Шишкарёв

В. С. Максимов

А. Б. Кожухов

В. В. Григорьев

Б. С. Алёшин